国务院南水北调工程办公室统计显示，“十一五”（2006－2010年）期间，南水北调东、中线一期工程批复设计单元工程84项，概算核定总投资约1405亿元。
据介绍，1405亿元占已批复可研报告动态总投资2289亿元（不包括东线治污和中线水源地保护投资）的62％；截至2010年7月底，下达投资865．5亿元，完成投资574．7亿元，分别占总投资2289亿元的38％和25％。
南水北调工程是中国跨区域调配水资源、缓解北方水资源严重短缺的战略性基础设施，又是节约水资源、保护生态环境、促进经济增长方式转变的重大示范工程。根据南水北调第三次建委会确定的工程建设目标，东线一期工程建设目标为2013年通水；中线一期工程建设目标为2013年主体工程完工，2014年汛后通水。
据国务院南水北调办公室主任鄂竟平介绍，“十一五”期间，一大批工程项目陆续开工建设，如东线穿黄、南四湖至东平湖段工程，中线膨胀土试验段、黄河以北至漳河段、黄河以南段、引江济汉、天津干线段部分工程项目，以及世界最大规模的渡槽工程——沙河渡槽段等。中线水源工程——丹江口大坝加高工程已顺利加高至176．6米新的设计高程。采用世界先进盾构技术的中线穿黄工程首条隧洞顺利穿越黄河底部。湖北兴隆水利枢纽开工且实现截流，推进了汉江中下游综合治理开发。
截至目前，部分项目已完成建设任务并发挥效益。中线优先安排建设京石段（石家庄至北京）应急供水工程于2008年5月通过临时通水验收，北京成为首个南水北调工程受益城市。目前，北京正第二次从河北调水，调水规模为2亿立方米。中线丹江口大坝通过科学调度，在应对今年汉江的紧急汛情时，发挥了防洪综合效益。
东线江苏三阳河潼河宝应站工程和山东济平干渠工程已完工并发挥效益。其中，山东济平干渠工程累计泄排涝水近15000万立方米，减少农田涝灾面积近20万亩次，极大地改善了地方生态环境。